石河子大学药学院成立于2001年4月，由原石河子大学医学院药学系和药理教研室合并而成。近两年来，药学院通过调整合并、优势互补、扩大规模，在办学水平、办学层次、办学质量等方面上了一个新台阶。
　 目前，药学院下设有三个教研室：药学教研室、药理学教研室、天然药物教研室；三个中心：石河子大学药学院药物检测中心、石河子大学药物研究中心、实验中心。现有各类在校生400余人，教职工41人，其中教授4人，副教授8人，讲师8人，硕士12人，博士1人。现有26个高档次的学生实验室、标本室、资料室。目前药学院拥有自治区人民医院、乌鲁木齐军医学院、兵团总院、石河子大学一附院、华世丹制药厂等教学实习单位10余所。
　 多年来，药学院始终注重科学研究、人才培养、学科建设与学术交流。目前药学院有科研实验室12个，面积约1200平方米，主要有高效液相色谱仪、红外、紫外分光光度计、气相色谱仪、生物信号处理仪、超低温冰箱、十万分之一天平等价值400多万仪器设备。近十年来，学院先后承担国家、农业部、自治区、兵团及大学各类科研课题20余相，其中吴越教授主持承担的国家“1035”项目书“九五”重大公关项目。药理学是兵团重点学科、兵团优秀课程、石河子大学重点学科、大学一类课程，而且是石河子大学医学院首批授予硕士学位的学科。现今药学院的研发重点是：新疆地产药用植物及新制剂的研究与开发。 
· 药学专业开设的主要课程有：有机化学、物理化学、生物化学、药物化学、生药学、药剂学、药理学、药物分析学、天然药物化学、药事管理学、生物药剂和药代动力学、药用植物学。 
· 药学专业的人才培养目标是：培养具有药学学科基本理论、基本知识和实践技能，能在药品的生产、检验、流通、使用、研究与开发、临床合理用药等领域从事工作的高级科学技术人才。 
· 药学专业的就业方向是：从事医院药物制剂、临床合理用药、药品生产、药品检验、药品营销、药事管理等工作。
　 多年来，药学院教师一代又一代在药学教学科研战线上辛苦耕耘、无私奉献，有数十人次分别获得过自治区、兵团、大学和学院各级别的“先进教师”、“三八红旗手”、“优秀党员”等光荣称号，他们的光辉业绩，将激励着一代又一代药学人更加坚定信心，开拓奋进，为了药学院更加辉煌灿烂的明天而继续努力！