药学院经过44年的建设和发展，中药教育取得了较大的发展。现设有基础化学、药物分析、药物化学、药理学、药用植物学、中药鉴定学、中药炮制学、中药药剂学、制药工程学、药事管理学等十个教研室和一个省级教学实验中心，同时还设有药物研究所、药用菌研究所、新药研究开发中心及中药标本室。药学院现有五个本科专业（中药学、药学、制药工程、药物制剂、中药资源与开发）和七个本科专业方向（中药药理学、海洋药学、中药资源与栽培、中药资源与鉴定、临床药学、生物制药、中药制药），2001年中药学学科被列为国家级重点学科，中药制剂学被列为国家中医药管理局重点学科。 
　　药学院现有在职教职工75名，其中具有高级职称的人员24名；中级职称的28名；初级职称人员23名。
药学院现设有中药学博士后流动站，中药学博士点，中药学、生药学、药理学和药剂学四个硕士点。有博士生导师6名，硕士导师13名。截止到2002年有2名博士后出站，并培养出博士15名，硕士52名和近2500名本、专科生。药学院现有在校各类学生1534名，其中博士后2名，博士生26名，硕士生89名，本科生1419名。药学院聘请外籍名誉教授2名、国内客座教授4名。多年来发表论文1500多篇，编写教材和专著160多部，获各种成果奖34项，其中国家级2项，部、委、省级22项。近十年共获国家纵向各类科研及项目基金1600多万元，国内外横向合作研究资金近2000万元。 
　　药学院拥有一批先进的仪器设备，如红外分光光度计、紫外分光光度计、高效液相色谱仪、气相色谱仪、全自动生化分析仪、多导生理记录仪、心脑血管功能测定仪、离心旋转薄层仪、荧光显微镜等。这些先进仪器为药学院的教学和科研提供了良好的基础条件和先进的研究手段，为把药学院各学科的研究推向国际药学研究的前沿奠定了良好的基础。 
　　药学院坚持教学与科研并重的方针，在中药学和现代药学的基础理论研究及应用开发方面硕果累累，尤其在有毒药物及止血药物的炮制机理、药物资源、新药开发、中药材质量标准及中药药理学、毒理学等研究领域具有较强的科研实力，众多研究成果居国内外领先水平。 
　　药学院与国内外有关高等院校、科研机构及大中型制药企业有着广泛而密切的联系，始终掌握着国内外药学发展的最新信息，立于学科发展的前沿。鉴于该学院有教学、科研、新药开发及人才培养等方面所做的卓有成效的工作，扬子江药业集团和南京老山制药厂还分别在学院设立了奖教金和奖学金。 
　　随着南京中医药大学的快速进步和发展，药学院亦步入了一个崭新的蓬勃发展时期，全院干部师生正以勤奋的工作和集体的智慧在创造更加辉煌的业绩。