始建于1941年，原为北京大学中药研究所，1943年以此为基础建立了北京大学医学院药学系，设本草专业和制药专业；1952年医学院独立建院，随之改名为北京医学院药学系，设药学、药物化学、应用化学（医药）三个专业；1985年随学校更名为北京医科大学药学院，设药学、药物化学、药理学三个专业；2000年4月原北京医科大学和北京大学合并组建新的北京大学，随之更名为北京大学药学院。 
----药学院现有在职职工212名，其中教授39名、副教授39名，博士生导师20名、硕士生导师35名；具有博士学位的52名，占教职工总数的24.5%；具有硕士学位的34名，占教职工总数的16%。
----药学院拥有一支学识渊博、治学严谨的专家学者、师资队伍，其中有中国科学院院士2名（先后曾有4名教授被遴选为院士）；被国家人事部和卫生部授予有突出贡献的中青年科技专家称号的3名； "长江学者奖励计划"特聘教授1名；国家杰出青年科学基金获得者2名，教育部跨世纪人才3名，全国优秀教师1名，北京市优秀教师7名，原北京医科大学桃李奖获得者5名；享受国务院颁发的政府特殊津贴的36名。
----药学院现设有化学生物学系、药物化学系、天然药物学系、药剂学系、分子与细胞药理学系、药事管理与临床药学系、实验教学中心、应用药物研究所；一个国家首批建立的重点实验室--天然药物与仿生药物国家重点实验室，一个首批进入"211工程"的现代药学与新药研究学科群，两个国家重点学科即药物化学和生药学。
----药学院现有3个博士点即药物化学、生药学、药剂学，5个硕士点即药物化学、生药学、药剂学、药物分析学、无机化学；药学作为一级学科为药学博士后流动站和"大药学"博士点，标志着药学院各学科均可招收博士生。
----62年来学院培养了4800多名本科生，480余名研究生。2001年经国家教育部批准可招六年制本硕连读学生。
----2002年招收了六年制学生133名、研究生91名（博士后5名、博士生30名、硕士生56名）、专科生309名、专升本学生105名。现有在校生1942名，其中研究生234名（博士后16名、博士生77名、硕士生141名）、本科生549名。
----1996～2000年五年中发表论文958篇，其中被SCI收录的149篇；获科研成果奖18项，其中国家级2项（国家"八五"科技攻关重大科技成果奖、国家重大科技成果奖），部、委、局、北京市级16项；获国家各级名类科研经费（"纵向"）1924万元，国际国内科研院所、制药企业合作研究经费1000万元、美元30万。
----2001年药学院共获得32项国家科研基金，经费总数1006万元。获得的项目数及经费数明显高于往年。其中国家自然基金13项，课题中标率为43%，居医学部首位；863牵头项目2项；博士点基金1项；北京市自然基金3项；985项目8项；教育部留学回国启动基金2项；北京市科技服务项目2项；CMB项目2项。在获资助32项课题中，超过半数的课题负责人为我院中青年骨干，特别在承担国家自然基金和863项目中，中青年骨干发挥了重要的作用。
----2001年共发表论文159篇，其中在国内发表128篇，SCI收录9篇；国外发表31篇，SCI收录30篇。国外发表影响因子最高的为张礼和院士指导的研究生雷震在《Nucleic Acids Research》杂志上发表的论文，影响因子为5.396。出版教材12部，其他类著作3部。
----成果和专利：获得省部级奖励3项--北京市科技进步二等奖2项，三等奖1项；获专利7项。 
----2002年在研的国家各级各类科研项目94项（当年获准16项）：国家自然科学基金30项（牵头项目19项），973项目6项、863项目2项、国家科技部生命中心基金10项、国家科委生物工程中心3项、国务院其他部门基金11项、博士点基金2项、中医药局基金3项、985项目17项，北京市自然科学基金5项、其它5项。2002年获科研经费720万元；获准专利15个；发表SCI收录论文174篇，其中国内131篇、国际43篇；会议提交论文57篇。国外发表的论文影响因子最高（6.373）的是张礼和院士指导的研究生陈军在Nucleic Acids Research杂志上发表的论文。 教材编著：主编7部，参编3部；专著参编2部。